В Башкирии организован один национальный парк — «Башкирия», три государственных заповедника — «Шульган-Таш», «Южно-Уральский» и «Башкирский». Два природных объекта («Шульган-Таш» и национальный парк «Башкирия») входят в состав биосферного резервата «Башкирский Урал». Его особенность — развитые карстовые процессы. На территории резервата насчитывается 166 пещер. Здесь представлены растения и животные, вошедшие в Красную книгу РБ и РФ.
Также в республике есть четыре природных парка, 27 государственных заказника, площадь которых составляет 958,5 тысячи гектаров. В начале 2018 года Минэкологии РФ утвердило еще 15 памятников природы в Башкирии — 15 болот с уникальной флорой и фауной.